在我國，近年來由于化肥的長期過量使用，造成土壤有機質減少和土壤微生物菌群多樣性及其功能降低。因此，研究和開發生物有機肥成了必然。生物有機肥是最近幾年在微生物技術發展及有機肥的商品化使用的基礎上研制而成的新型肥料，它既不是傳統的有機肥，也不是單純的菌肥，是二者的有機結合體，充分利用了自然資源中可持續發展資源，它是以自然中的有機物為基質和載體，加入適量的無機元素，然后科學性地加入有利于土壤結構、作物吸收、元素釋放等有益微生物，經特殊工藝加工而成的。其有機質載體大多為作物秸稈、草碳、禽畜糞、生活垃圾等有機廢棄物。所含微生物大致為分解菌、固氮菌、解磷菌和解鉀菌等。生物有機肥產品除了含有較高的有機質外，還含有具有特定功能的微生物，這是此類產品的特點。
一、生物有機肥在農業生產中的作用
1.1提高作物產量，改善作物品質
生物有機肥有效地克服了化肥養分單一，供肥不平衡的毛病，注重生物、有機與無機相結合的養分互動互補作用，施用后既可提高作物產量，也可有效改善作物品質，提高農產品的安全性。生物有機肥營養物質釋放緩慢，以氮素營養而言多以NH4+或氨基酸形式供給植物，進入植物細胞后無需消耗大量能量和植物光合作用產物，如糖分和有機酸等，直接參與植物細胞物質的合成，故植物生長快，積累的糖分等物質多，農產品質量好，且很少有硝酸鹽等有害物質污染。在巴戟天的種植中應用生物有機肥，巴戟天的有效成分甲基異茜草素-1-甲醚、醇溶性糖及多糖均有不同程度的增加。安徽省土肥總站經過幾年的有機肥試驗、示范表明，西瓜施用有機肥比不施用有機肥的甜度高4～5個百分點，梨子糖分比不施有機肥的高5～6個百分點，且纖維素少，爽甜可口，酸度小。
1.2提高土壤肥力，改善土壤理化性狀
土壤有機質是土壤肥力的基礎，直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩沖性和通氣狀況等。土壤施入生物有機肥后可以大量增加土壤有機質含量，有機質經微生物分解后形成腐殖酸，其主要成分是胡敏酸。它可以使松散的土壤單粒膠結成土壤團聚體，使土壤容重變小，孔隙度增大，易于截留吸附滲入土壤中的水分和釋放出的營養元素離子，使有效養分元素不易被固定。另外，由于生物有機肥中含有大量的微生物活體，施入土壤后，使得土壤中微生物量、土壤酶活性顯著增加，
促進土壤難溶性礦物質養分的釋放，同時有些微生物能分泌植物激素從而促進作物生長，有些真菌還能分解土壤中的有機物質，釋放出糖類，促進固氮菌的生長，進一步提高了土壤養分有效性，而隨著有益微生物增加。這樣由于土壤的保肥、保水性能得到加強，從而提高了土壤肥力。
有機質經微生物分解，縮合成新的腐殖質，它能與土壤中的黏土及鈣離子結合，形成有機無機復合體，促進土壤結構改良，降低土壤容重，從而可以協調土壤中水、肥、氣、熱的矛盾，改善土壤理化性狀。
1.3減少或降低植物病蟲害的發生
生物有機肥具有改善土壤生態環境及土壤微生物區系的作用，在減少作物病蟲害發生方面發揮著更為重要的作用。這是因為在生物有機肥中含有多種非病原微生物菌群，生物有機肥進入土壤后，有益菌在根際大量繁殖，在植物根系區形成優質種群。從而抑制根際病原菌的繁殖。而且能刺激作物生長，使其根系發達，促進葉綠素、蛋白質和核酸的合成，提高作物的抗逆性。
1.4降低環境污染
目前，我國的化肥施用量逐年上升，這些施入土壤中的化肥除供給作物正常生長外，大部分通過雨水沖刷流失于水中或大氣中，導致土壤和農產品的重金屬污染、水體的富營養化，直接威脅到人類和動植物的生存。生物有機肥在很大程度上避免了化肥所帶來的不利因素，從而為改善環境，實施農業的可持續發展戰略作出貢獻。
二、生物有機肥的未來發展趨勢
目前世界各國均十分關注農業的可持續發展問題，正在加大生物肥料和有機肥料的開發、生產及應用力度。美遠遠不能滿足市場容量和生產綠色食品的需求。為了適應農業生態的要求，生物有機肥應從以下幾方面著手：
2.1由單一菌種向復合菌種方面發展
豆科作物接種根瘤菌只選用相應接種族的根瘤菌種，但是，由于生物有機肥肥料的肥效并非單一功能作用的結果，以后必須發展到多種菌的復合。目前，國內生物有機肥肥料多趨向于將固氮菌、磷細菌和鉀細菌復合在一起施用，使得生物有機肥肥料能同時供應氮、磷、鉀營養元素。
2.2由單功能向多功能方面發展
生物有機肥由于其微生物活動的特性，必將在微生物種群繁殖生長的同時向作物根際分泌一些次生代謝產物，而其中的一些次生代謝產物具有改善植物營養、刺激生長和抑制病菌等綜合功能。許多微生物的功能也不是單一的，因此，生物有機肥肥料將向功效的多樣化發展，除要求應有的肥效外，還應開發兼有防治土傳病害作用的生物肥料。
2.3由無芽孢菌轉向芽孢菌種
由于無芽孢桿菌不耐高溫和干燥，在劑型上只能以液體劑或將其吸附在基質(如草炭或蛭石等)中制成接種劑，以便存儲和運輸。無芽孢菌抗逆性差，制成液體劑或吸附劑不耐存儲，難以進入商品渠道。因此，生物有機肥今后的發展必然在劑型上有所革新，要求菌種更新換代，即應選用抗逆性高、存儲時間長的芽孢桿菌屬。
2.4根據不同土壤和不同作物研制不同的配方
針對我國各個地區不同的氣候條件、土壤類型和不同作物研制不同的生物有機肥料，使其具有較強的針對性和專一性，這樣效果可能會更好。如氣候較干旱的地區，應選擇抗逆性強的芽孢桿菌。土壤肥沃的地區，氣候條件較好，土著菌種類復雜，又很活躍，可選育營養、抗病和促生的優勢菌群，發揮菌株間的協同作用，有效促進作物生長。
可以相信，生物肥料將逐漸成為肥料行業生產和農資消費的熱點，從而為綠色食品、有機食品產業化創造良好條件。通過有益微生物的處理將農作物秸稈、畜禽糞便等有機廢棄物轉變成生物有機肥，使之無害化、資源化，解決了種植、養殖業的后顧之憂，同時也增加了畜禽產品的附加值，是一舉多得的事情。同時，秸稈通過非病原微生物作用還田具有提高土壤有機質含量，改善土壤物理性狀，增加土壤微生物，使土壤變得松疏易于耕種，減少病蟲草害的發生。正確使用生物有機肥，可以提高農產品的產量和品質，具有很好的生態效益和經濟效益。因此，生物有機肥工廠化生產對畜禽養殖業、肥料加工和種植業都會產生良好的經濟效益和社會效益。使農業生產走可持續發展的道路。
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